На территории Аэропорта Варна обработка опасных товаров и опасных веществ производится с особым вниманием. При транспортировке опасных товаров по воздуху соответствующая информация о товаре предоставляется принимающим аэропортам в соответствии со стандартами IATA. Регулярное проведение обучения гарантирует, что все принимающие участие в обработке опасных товаров сотрудники прошли курс обучения и имеют глубокие познания в данной области специализации.
Безопасность тоже является основным приоритетом при использовании опасных веществ. Люди и окружающая среда должны быть защищены от вредного воздействия опасных химических веществ и препаратов.
Осуществляется контроль всех химических веществ, препаратов и продуктов с принятием во внимание требований к промышленной безопасности, охране здоровья и экологических критериев, при строгом соблюдении установленных превентивных мер безопасности и правил поведения.
В связи с гарантированием безопасности авиагорючего, сохраняемого в резервуарах в службе ГСМ, после 2008 года возле сооружений установлены бетонные обваловки, которые не позволяют жидкости загрязнять окружающую среду в случае разлива.В целях предотвращения попадания опасных веществ в подпочвенные воды в 2009 году на территории обоих аэродромов предстоит строительство отдельной площадки для внешней обработки самолетов, с отдельной канализационной системой и с возможностью осуществления очистки отходных вод.